Die Außenstelle Prag nahm im März 2018 ihre Arbeit auf. Seit September 2023 wird die Prager Vertretung von Dr. Jaromír Mrňka geleitet. Die Stelle fördert wissenschaftliche Forschungen zur tschechischen, deutschen und polnischen Geschichte im europäischen Kontext. Die Zweigniederlassung ist ein Ort der Kommunikation, der Kooperation und des Austauschs zwischen deutschen, tschechischen und polnischen Historiker/innen, bezieht in ihre Vermittlungsarbeit aber auch die benachbarten ostmitteleuropäischen Geschichtswissenschaften mit ein. Sie organisiert insbesondere wissenschaftliche Tagungen und Vorträge und unterstützt Veröffentlichungen.
Die Prager Dependance kooperiert eng mit einer Zweigstelle des Collegium Carolinum München und mit der Akademie der Wissenschaften der Tschechischen Republik.