Das Archiv sammelt, sichert und erschließt die Selbstzeugnisse der DDR-Opposition, der Bürgerbewegungen und der in den Jahren 1989/90 entstandenen Initiativen und Parteien, und macht sie der Öffentlichkeit zugänglich. So können die Ursachen und der Verlauf der demokratischen Revolution und das Entstehen demokratischer Strukturen umfassend belegt werden. Wissenschaftliche Publikationen zu dem Themenkomplex und ein umfangreiches Presse-, Foto-, Ton- und Videoarchiv ergänzen die Sammlung. Mit der Sammlung des entsprechenden Schrift-, Bild- und Tongutes strebt das Archiv die Bildung vollständiger Überlieferungen zu Einzelpersonen und Gruppen der DDR-Opposition, zu Bürgerbewegungen und zu neu entstandenen Parteien und Initiativen im Herbst 1989 an. Damit wird dieses nationale Kulturgut gesichert und ein grundlegender Beitrag zur Erforschung und Auseinandersetzung mit der Geschichte und den Folgen der SED-Diktatur geleistet.

Die wissenschaftliche Spezialbibliothek sammelt Veröffentlichungen zu Themenfeldern mit Bedeutung für die Aufarbeitung der Tätigkeit des Staatssicherheitsdienstes der DDR. Durch die Übernahme anderer wissenschaftlicher Bibliotheksbestände umfasst die Sammlung auch Literatur angrenzender Wissensgebiete wie Soziologie, Psychologie, Philosophie, Religion, Kultur, Wissenschaft und Technik, Militärwesen usw. Sammlungsschwerpunkte sind Ministerium für Staatssicherheit, moderne Diktaturen, Kommunismus und Totalitarismus, SBZ/DDR, Deutschlandpolitik/innerdeutsche Beziehungen, Entwicklungen in Osteuropa/Mittelosteuropa, Geheimdienste, Vergangenheitsaufarbeitung, Biografien und biografische Nachschlagewerke.

Das Archiv umfasst überwiegend personenbezogene Akten und Berichte von Häftlingen der Torgauer Wehrmachtgefängnisse, der Speziallager Nr. 8 und Nr. 10 sowie der Strafvollzugsanstalt Torgau sowie Unterlagen zum Kriegsgefangenenlager Stalag IV D in Torgau. Meist handelt es sich um Kopien aus öffentlichen Archiven und Dokumente aus Privatbesitz. Die Fotosammlung umfasst ca. 2.000 Fotografien und Dias. Der gesamte Bestand ist in einer Datenbank erfasst.

Die Sammlung umfasst Gegenstände und Dokumente aus dem Notaufnahmelager und dem Notaufnahmeverfahren sowie Lebenszeugnisse ehemaliger Flüchtlinge und Übersiedler aus der DDR. Erweitert wird die Sammlung durch ein historisches Pressearchiv für den Zeitraum 1953-1990. Es umfasst Meldungen und Berichte aus der Berliner Tagespresse über die Fluchtbewegung aus der DDR, die Flüchtlingspolitik der Bundesrepublik sowie die deutsch-deutschen Beziehungen. Auch die mündliche Überlieferung zur Flucht im geteilten Deutschland wird in Form von lebensgeschichtlichen Interviews im Zeitzeugenarchiv der Erinnerungsstätte bewahrt.

Die 1990 unter der Idee „Sammlung ehemals verbotener Bücher“ gegründete Gedenkbibliothek ist eine Spezialsammlung von Sach- und erzählender Literatur zur Aufklärung über die Ursachen und Folgen des Sowjetkommunismus als universeller Bedrohung der freiheitlich-demokratischen Welt. Die Bestände umfassen Werke zur Sozialismusforschung, zur DDR-Geschichte mit Schwerpunkt Justiz und Staatssicherheit, Opposition und Widerstand, zur Geschichte der ehemaligen Sowjetunion und ihrem Repressionsapparat sowie der Verbrechen des „Stalinismus“; ferner Haft- und Lagererinnerungen (auch Manuskripte) sowie Literatur ehemaliger oppositioneller DDR-Schriftsteller und Dissidenten des Ostblocks.

Das Archiv umfasst Überlieferungen aus dem Privatbesitz ehemaliger Bautzen-Häftlinge sowie Kopien aus den Akten des MfS im Bestand der BStU. Daneben liegt eine nahezu komplette Kopie des Bestandes Speziallager Bautzen aus dem Staatsarchiv der Russischen Föderation vor. Eine Benutzung des Archivs kann nur nach schriftlicher Voranmeldung unter Darlegung des Forschungsinteresses erfolgen. Viele Bestände sind aus datenschutzrechtlichen Gründen nur bedingt einsehbar.

Die Gedenkstätte verfügt über keinerlei Original-Unterlagen aus der Zeit des Haftbetriebes in Hohenschönhausen. Gesammelt werden Häftlingserinnerungen und Kopien amtlicher Dokumente. Die amtlichen Dokumente befinden sich überwiegend in anderen Archiven in Moskau und Berlin. Im Zeitzeugenarchiv werden ausschließlich personenbezogene Unterlagen archiviert, darunter transkribierte Interviews. Die Sammlung erfasst derzeit rund 900 Personen. Das Dokumentenarchiv sammelt allgemeine Unterlagen über den Haftort. Weiterhin verfügt die Gedenkstätte über eine Fachbibliothek zum Themenkreis politische Verfolgung in der DDR.

Die biographische Sammlung umfasst personenbezogene Unterlagen (Prozess- und Personalakten, Briefe, Erinnerungsberichte etc.) zu den Häftlingen sowie zum Justiz- und Haftpersonal. Sie wird ergänzt durch überwiegend aus anderen Archiven zusammengetragene Unterlagen zur politischen Strafjustiz und zum Widerstand sowie durch Akten zur Vorgeschichte und Geschichte der „Mahn- und Gedenkstätte des antifaschistischen Widerstandskampfes“.
Der gesamte Bestand ist durch Findhilfsmittel erschlossen. Die personenbezogenen Bestände sind in Datenbanken erfasst. Einsicht in die Bestände ist nach Anmeldung unter Angabe von Zweck und Thema möglich.

Das Bürgerkomitee sammelt schwerpunktmäßig Objekte, die die Arbeit des MfS in Leipzig und im Einzelfall auch darüber hinaus dokumentieren. Die  Sammlung auch ein Videoarchiv zur Endphase der DDR und des MfS sowie zum heutigen Umgang mit diesem Geschichtsabschnitt, das auch Originalaufnahmen aus dem Jahr 1989 beinhaltet, eine Zeitungsausschnittssammlung mit Medienberichten über die Auflösung des MfS und den Umgang mit der DDR-Vergangenheit an sich. Bei der Auflösung der Leipziger Staatssicherheit stellte das Bürgerkomitee alle Bücher aus den Beständen des MfS sicher. Diese bilden den Grundstock einer geplanten Spezialbibliothek. Der derzeitige Bestand setzt sich aus "originaler", aus der DDR stammender Literatur sowie aus Publikationen zur Aufarbeitung der SED-Diktatur.
Die Sammlung der Gedenkstätte wird als eine der ersten zur DDR-Geschichte wissenschaftlich inventarisiert.

In der der Sammlung befinden sich Relikte zur Geschichte der ehemaligen Heilanstalt Sonnenstein, aber auch Sammlungsgegenstände aus der Zeit der "Euthanasie"-Anstalt, wie Fundstücke der Bausubstanz der ehemaligen Tötungsanstalt, Sterbeurkunden und Trostbriefe sowie Urnenmarken von "Euthanasie"-Opfern. Die Fotosammlung der Gedenkstätte umfasst etwa 1000 Fotografien und Dias.

Das Kunstarchiv Beeskow versteht sich als Dokumentationsstelle zur bildenden Kunst in der DDR. Den Bestand bilden rund 23.000 Objekte (Gemälde, Druckgrafiken, Zeichnungen und Aquarelle, Fotografien, Plastiken, Kunstgewerbe und Medaillen), die vor 1989 den Parteien, Massenorganisationen und Staatsorganen der DDR gehörten. Die Werke entstanden im Auftrag, wurden angekauft oder sind Schenkungen. Der größte Teil war in den öffentlichen Gebäuden der
Besitzer zu finden: Erholungsheime, Schulungszentren, Geschäftsstellen, Gästehäuser
oder Speisesäle. Nach dem Ende der DDR und der Auflösung ihrer politischen Institutionen gingen die Werke als „Sondervermögen“ in die  Verwaltung der Treuhand und 1994 nach dem Fundortprinzip in das Eigentum der jeweiligen neuen Bundesländer über. Im Kunstarchiv Beeskow befindet sich mit den Anteilen der Länder Berlin, Brandenburg und Mecklenburg-Vorpommern der Hauptteil der Werke.

Das Archiv sammelt und erschließt Quellen zu Opposition und Widerstand gegen die SED-Diktatur 1945 bis 1990 macht sie der Öffentlichkeit zugänglich. Unter dem Dach der RHG sind drei nichtstaatliche Archive vereint: das Robert-Havemann-Archiv mit dem Nachlass Robert Havemanns, das aus der Berliner Umwelt-Bibliothek hervorgegangene Matthias-Domaschk-Archiv, sowie das Archiv Grauzone mit seinen Sammlungen aus der ostdeutschen Frauenbewegung. Das Schriftgut des Archivs neben Zeugnissen der Opposition von Einzelpersonen und Gruppen bzw. Vereinigungen eine Ergänzungsdokumentation zum Thema Repression in der DDR sowie Sammlungen von Samisdat-Publikationen, Zeitungen und Zeitschriften der Bürgerbewegung sowie der unabhängigen Frauenbewegung der DDR. Hinzu kommen Plakate, Fotos, Bild- und Tonträger, Transparente und museale Objekte sowie eine  Präsenzbiblioth

Das 1991 gegründete ThürAZ ist das Spezialarchiv zu Opposition und Widerstand in der SED-Diktatur für den Freistaat Thüringen. Im Mittelpunkt der Sammlungstätigkeit des ThürAZ stehen die Selbstzeugnisse der Akteure der Opposition und des Widerstandes in den ehemaligen Bezirken Gera, Erfurt und Suhl. Die im ThürAZ verwahrten Quellen ermöglichen in qualitativer und quantitativer Hinsicht einen einzigartigen Zugang zur Gegenüberlieferung der SED-Diktatur, die den Dokumenten der Herrschaft die Perspektive der Akteure unangepasster und widerständiger Gruppen entgegensetzt. Derzeit umfassen die Archivbestände 72 Sammlungen, Vor- und Nachlässe ehemaliger Akteure der Opposition und des Widerstandes sowie Überlieferungen von Körperschaften. Die Erwerbungstätigkeit zielt auf den Raum des heutigen Freistaates Thüringen im Zeitraum 1945–1990. Die größte Überlieferungsdichte ist für die 70er und 80er Jahre und für die Städte Jena, Saalfeld, Gera, Weimar und Erfurt zu verzeichnen.