Berlin-Lichterfelde ist räumlich und personell die größte Einrichtung des Bundesarchivs. Hier haben die Abteilungen R (Deutsches Reich), DDR (Deutsche Demokratische Republik) und SAPMO (Stiftung Archiv der Parteien und Massenorganisationen der DDR) des Bundesarchivs ihren Sitz. Auch Organisationseinheiten der in Koblenz angesiedelten Abteilungen Z (Zentrale Verwaltungsangelegenheiten), G (Fachliche Grundsatzangelegenheiten und zentrale Fachdienstleistungen) und B (Bundesrepublik Deutschland) sind dort ansässig.

In Berlin-Wilmersdorf  ist das Filmarchiv des Bundesarchivs seit 1990 ansässig und vereint seither die ehemals getrennten deutschen Filmarchive aus Ost und West. In dem Gebäude findet die Erschließung und Benutzung von Filmen und filmbegleitenden Materialien statt. Der Standort stellt eine Übergangslösung dar, da diese Arbeitsbereiche nach Neu- und Umbaumaßnahmen nach Hoppegarten oder Berlin-Lichterfelde umziehen

In Freiburg hat die Abteilung Militärarchiv des Bundesarchivs ihren Sitz. In Freiburg befindet sich auch das Militärische Zwischenarchiv für die Aktenabgaben des Bundes¬mini¬steriums der Verteidigung, der Kommandobehörden, Dienststellen und Einheiten der Bundes¬wehr sowie der Bundeswehrverwaltung. Die Bestände des Militärarchivs umfassen die Überlieferung staatlicher militärischer Stellen seit dem Jahre 1867 bis in die Gegenwart, insbes. Sachakten, Karten, Konstruktionspläne, Fotos. Hier finden sich die erhalten gebliebenen Unterlagen der preußisch-deutschen Armee, der Kai¬serlichen Marine, der Schutztruppen und der Freikorps, der Reichswehr, der Wehr¬macht sowie Nationalen Volksarmee und der Grenztruppen der DDR. Der umfangreichste Teil der von der Abteilung Militär¬archiv verwahrten Unterlagen stammt vom Bundesministerium der Verteidigung und seinen nachgeordneten militärischen und zivilen Bereichen. Nachlässe deutscher Militärangehöriger und sachthematische Sammlungen zur deutschen Militärgeschichte seit der Mitte des 19. Jh. runden das Überlieferungsprofil ab.

In Hoppegarten befindet sich ein neues Zwischenarchiv des Bundesarchivs für die seit 1990 eingerichteten Bundesbehörden. Es wurde 1991 zunächst als Sammelstelle für das Schriftgut aufgelöster "Dokumenten¬zentra¬len", Verwaltungsarchive und Dienststellen der DDR eingerichtet. Für die Abteilung Filmarchiv werden hier filmische Materialien technisch bearbeitet, restauriert und umkopiert. Inzwischen lagern in einem Spezialmagazin auch rd. 80.000 Rollen Cellulose¬nitrat¬filme, die die älteste Überlieferungsschicht des Filmarchivs bilden.

Koblenz ist Hauptdienststelle des 1952 gegründeten Bundesarchivs. Koblenz ist Standort der Fachabteilung B (Bundesrepublik Deutschland) und als solche verantwortlich für das zentrale zivile staatliche Archivgut der Bundesrepublik Deutsch¬land seit 1949 einschließlich der westlichen Besatzungszonen 1945-1949. Die Bestände umfassen aber auch Schriftgut privater Herkunft, etwa von Einzelpersönlichkeiten und Verbänden sowie Bilder, Plakate, Karten, Tondokumente sowie für die Edition der Kabinettsprotokolle der Bundesregierung. Vor Ort besteht ein Bildarchiv und eine Präsenzbibliothek.

In  Bayreuth hat seit 1999 das Lastenausgleichsarchiv des Bundesarchivs seinen Sitz, das zur Abteilung B (Bun¬desrepublik Deutschland) gehört. Die Bestände umfassen Quellen zu Flucht und Vertreibung am Ende des 2. Weltkriegs, zur Regionalgeschichte und Familienkunde der ehemaligen deutschen Ostgebiete sowie der Sozial- und Gesellschaftsgeschichte der Bundesrepublik Deutschland.

In Ludwigsburg wurde 1958 die Zentrale Stelle (ZSt) zur Aufklärung national-sozialistischer Verbrechen als gemeinschaftliche Einrichtung der Landesjustizverwaltungen errichtet. Seit 2000 ist dort auch eine Außenstelle der Abteilung B des Bun¬desarchivs tätig, welche die Unterlagen der zentralen Stelle verwaltet und zur Nutzung bereit stellt. Außerdem präsentiert das Bundesarchiv hier seit 2004 eine ständige Ausstellung über die juristische Aufarbeitung von NS-Ver¬brechen und ein spezielles pädagogisch-didaktisches Angebot als außerschulischer Lernort an.

In Rastatt wurde 1974 die "Erinnerungsstätte für die Freiheitsbewegungen in der deutschen Geschichte" eingerichtet. Das Bundesarchiv wurde mit Konzeption und Gestaltung der Ausstellung beauftragt. Diese Außenstelle des Bundesarchivs versteht sich als "lebendige Stätte der Anschauung und Begegnung" mit Demokratie in ihrer spezifisch deutschen Tradition. Sie ist ein anerkannter außerschulischer Lernort, der einen wichtigen Beitrag dafür leistet, junge Menschen für die Werte der freiheitlich-demokratischen Grundordnung zu sensibilisieren.

In Sankt Augustin-Hangelar befindet sich seit 1971 ein Zwischenarchiv für die Aufnahme ministeriellen Schriftguts der obersten Bundesbehörden in Bonn. Eine Vorgängereinrichtung war seit 1965 in Bad Godesberg untergebracht.

Die SAPMO stellt Archivgut zur Benutzung bereit, das außerhalb der staatlichen Behörden der DDR bei den politischen Entscheidungen zur Kontrolle und Steuerung von Staat und Gesellschaft entstanden ist. Es unterlag bis 1990 strikter Geheimhaltung und ist nun bis auf personenbezogene Unterlagen frei benutzbar. Das Archivgut umfasst die Unterlagen des Politbüros der SED und der Büros einzelner Funktionäre, des Zentralkomitees mit seinen Abteilungen sowie parteieigener Schulungseinrichtungen von 1946 bis 1990. Mit dem Parteiarchiv der SED ging auch das dort verwahrte Archivgut der KPD von der Gründung 1919 bis zum Ende der illegalen Aktivität in der Bundesrepublik 1971 an die SAPMO über. Dazu kommen umfangreiche Gewerkschaftsbestände, Unterlagen aus Massenorganisationen wie der FDJ, vom Kulturbund und von der Gesellschaft für Deutsch-Sowjetische Freundschaft sowie über 400 Nachlässe. Die regionalen Bestände der Parteien und Massenorganisationen der DDR befinden sich in den Staatsarchiven der Bundesländer. Zur SAPMO gehört eine Bibliothek mit den Beständen von über 30 früheren Einrichtungen und Organisationen, die sie mit dem Archivgut in das Bundesarchiv eingebracht haben

Die WASt verwaltet etwa 3.600 t Akten und Karteimaterialien. Diese gliedern sich in eine alphabetisch geordnete Zentralkartei von Teilnehmern des II. Weltkrieges (Wehrmachtsoldaten und Angehörige anderer militärischer bzw. militärähnlicher Verbände), namentliche Meldungen in den Erkennungsmarkenverzeichnissen und Personalveränderungslisten der einzelnen Wehrmachttruppenteile aus der Zeit des II. Weltkrieges, personenbezogene Meldungen in den Verlustunterlagen der einzelnen Wehrmachttruppenteile, sowie anderer militärischer Verbände des II. Weltkrieges, Personalunterlagen der deutschen Marine (Kaiserlich-Deutsche Marine, vorläufige Reichsmarine, Reichsmarine, Kriegsmarine, deutscher Minenräumdienst und dienstverpflichtete Handelsseeleute) für die Zeit von 1871 bis 1947, Personalunterlagen der deutschen Wehrmacht (Heeres- und Luftwaffenangehörige), etwa Wehrstammbücher, Wehrpässe, Soldbücher etc., Unterlagen über deutsche, österreichische und verbündete Teilnehmer des II. Weltkrieges in alliierter Kriegsgefangenschaft (hauptsächlich französisches, amerikanisches und britisches Gewahrsam), sowie Entlassungsunterlagen über Transporte aus östlichem Gewahrsam, Unterlagen (Restbestände) über fremdländische Kriegsgefangene in deutschem Gewahrsam, die Zentralgräberkartei über Kriegssterbefälle mit personenbezogenen Meldungen für den I. Weltkrieg und II. Weltkrieg, diverse Einzel- und Sammelunterlagen wie z.B. Ranglistenkartei für Heeres- und Luftwaffenoffiziere, Ordenverleihungsnachweise etc.

Das GStA PK ist ein Historisches Archiv mit umfangreicher (brandenburg-) preußischer zentraler bzw. provinzialer, staatlicher wie nichtstaatlicher Überlieferung. Seine Vorläufereinrichtungen reichen bis 1598 zurück.
Heute ist das GStA PK aufgrund seiner historischen Entwicklung zunächst für die Überlieferung der zentralen Instanzen des ehemaligen Brandenburg-Preußen zuständig, darüber hinaus auch für bestimmte Provinzialüberlieferungen und nichtstaatliches Schriftgut. Es verwahrt auf differenzierter Rechtsgrundlage gegenwärtig ca. 35.000 lm Archivalien sowie eine Dienstbibliothek mit etwa 185.000 Bänden und 200 laufenden Zeitschriften. Seine Tektonik umfasst: Bestände der zentralen Verwaltungs- und Justizbehörden Brandenburg-Preußens, der preußischen Parlamente und der Stiftung Preußischer Kulturbesitz; das Brandenburg-Preußische Hausarchiv sowie das Heeresarchiv (bis 1866/67, soweit nicht vernichtet); bestimmte Territorialüberlieferungen und Provinzialbehörden (v. a. der ehemaligen preußischen Ostprovinzen); nichtstaatliche Provenienzen (v. a. brandenburg-preußisch akzentuierte Nachlässe und Familienarchive; weiterhin Schriftgut von Freimaurerlogen und vergleichbaren Organisationen) sowie archivische Sammlungen (mit besonders reichhaltiger Kartenüberlieferung).

Im Parlamentsarchiv werden Unterlagen des Deutschen Bundestages verwahrt, aufbereitet, substanziell erhalten und für interne und externe Nutzung bereitgestellt. Darüber hinaus werden dort Dokumentationen und Nachschlagewerke erarbeitet. Der Archivbestand umfasst u. a. Akten, Drucksachen, Protokolle, Webauftritte, Fotografien und Bilder sowie Videoaufzeichnungen von Plenar- und Ausschusssitzungen und anderen parlamentarischen Veranstaltungen. Die sich auf ein Gesetz beziehenden Dokumente aus dem Bundestag und dem Bundesrat werden zu jeweils einer Gesetzesdokumentation zusammengefasst.

Das Politische Archiv des Auswärtigen Amts verwahrt die Akten zur deutschen Außenpolitik seit 1867, etwa die Akten des Auswärtigen Amts und des ehemaligen Ministeriums für Auswärtige Angelegenheiten der Deutschen Demokratischen Republik sowie der deutschen Auslandsvertretungen sowie die völkerrechtlichen Verträge der Bundesrepublik und ihrer Rechtsvorgänger des Deutschen Zollvereins, des Norddeutschen Bundes, des Deutschen Reiches, der Deutschen Demokratischen Republik und der Bundesrepublik Deutschland. Die Archivalien werden gesichert, aufbereitet und der wissenschaftlichen Forschung zugänglich gemacht.  Das Politische Archiv fördert das Editionsprojekt „Akten zur Auswärtigen Politik der Bundesrepublik Deutschland“ (AAPD).