We wszystkich zagadnieniach naukowych Niemieckiemu Instytutowi Historycznemu doradza 9-osobowa Rada Naukowa. Przewodniczącą Rady jest prof. dr Bianka Pietrow-Ennker (Uniwersytet w Konstancji).  Członkowie Rady, która zbiera się przynajmniej raz w roku na dwudniowe obrady, wybierani są każdorazowo na 4-letni okres kadencji, z możliwością jej jednokrotnego przedłużenia.

prof. dr Bogusław Dybaś

Dyrektor
Stacji Naukowej PAN w Wiedniu

Prof. dr Frank-Lothar Kroll

Politechnika w Chemnitz
Historia Europy XIX i XX wieku

Prof. dr Christian Lübke

Centrum Badań nad Historią i Kulturą Europy Środkowowschodniej w Lipsku

Dr Rimvydas Petrauskas

Universytet Wileński
Instytut Historii

Prof. dr Gertrud Pickhan

Zastępczyni Przewodniczącego
Wolny Uniwersytet Berlin
Katedra Historii Europy Wschodniej

Prof. dr Dieter Pohl

Uniwersytet Klagenfurt
Dziekan Wydziału Historii Współczesnej i Historii Europy Wschodniej i Południowej

Prof. dr hab. Krzysztof Ruchniewicz

Universytet Wrocławski
Instytut Historyczny

Prof. dr Martin Schulze Wessel

Uniwersytet im. Ludwiga Maximiliana w Monachium
katedra historii Europy wschodniej 

Prof. dr Thomas Wünsch

Przedowniczący
Uniwersytet Pasawa
Katedra Historii Nowszej i Najnowszej