Niemiecki Instytut Historyczny w Warszawie prowadzi badania nad dziejami Europy Środkowo-Wschodniej w kontekście europejskim i globalnym ze szczególnym uwzględnieniem historii stosunków polsko-niemieckich. Inicjuje transfer wiedzy między wschodnimi a zachodnimi regionami Europy, a także poza jej granicami. To regionalne ukierunkowanie wspierają filie placówki w Wilnie i Pradze. Badania historyczne NIH mają charakter interdyscyplinarny, co umożliwia analizy złożonych powiązań historycznych i kulturowych w Europie Środkowo-Wschodniej od średniowiecza po współczesność. Cele badawcze instytutu skupiają się wokół wybranych zagadnień problemowych. Dzięki temu wyniki tych prac wzbogacają badania, wykraczające poza granice regionu.

Obszar Europy Środkowo-Wschodniej wyznacza raczej jej specyfika historyczna niż jasno wytyczone granice fizyczne. Regionalne punkty odniesienia często kształtowały bowiem świadomość, tożsamość i kulturę mieszkańców Europy Środkowo-Wschodniej w znacznie większym stopniu niż podmioty państwowe. Badania prowadzone w NIH stanowią zatem wkład w przezwyciężanie ramy tradycyjnej, narodowocentrycznej historiografii.

Inspiracją dla badań NIH jest podejście historii kulturowej, które skupia się na historyzowaniu stałych antropologicznych takich jak przemoc, przestrzeń, migracja czy pamięć. Przedmiotem analiz instytutu są ponadto zjawiska jak wielowyznaniowość i multietniczność Europy Środkowo-Wschodniej. Na szczególną uwagę zasługuje kwestia stałej obecności ludności żydowskiej w tym regionie. Kolejny stałym przedmiotem badań naukowych NIH jest niemiecka okupacja Polski, II wojna światowa i Holokaust, jak również pamięć o tych wydarzeniach.

Dzięki usytuowaniu prac w Polsce, Czechach i Litwie warszawski NIH przyczynia się do zmiany dominującego kierunku transferu wiedzy i pośredniczy w przekazywaniu wyników badań naukowych do niemieckich i międzynarodowych środowisk badawczych. Wyniki prac badawczych z placówek znajdujących się w Europie Środkowo-Wschodniej mogą dostarczać nowe impulsy dla globalnej historiografii. Lokalne zakotwiczenie instytutu umożliwia ponadto pozyskanie zewnętrznej perspektywy na dzieje Niemiec. NIH ściśle współpracuje z instytucjami polskimi, które realizują podobne zadania badawcze. Realizuje też wspólne projekty grantowe z nimi. Warszawski instytut wykorzystuje swoje trzy lokalizacje do moderowania produktywnej i trwałej wymiany naukowej z historykami w Polsce i krajach z nią sąsiadujących.

NIH w Warszawie wspiera przede wszystkim naukowców i naukowczynie w fazie podoktorskiej, umożliwiając im realizację własnych projektów na terenie instytutu. Ponadto NIH przyznaje regularnie stypendia na pobyty badawcze w Polsce, Czechach i Litwie, jak również na praktyki studenckie. Księgozbiór biblioteki instytutowej jest dostępny dla wszystkich. Obejmuje on zasoby dotyczące historii Europy Środkowo-Wschodniej, zwłaszcza literaturę międzynarodową i czasopisma naukowe. Biblioteka oferuje ponadto dostęp do zasobów elektronicznych wszystkich instytutów Fundacji Maxa Webera, czym wyróżnia się w porównaniu z innymi księgozbiorami warszawskimi.