Praska filia NIH w Warszawie działa od marca 2018 roku pod kierownictwem dr. Zdeňka Nebřenskiego. Od września 2023 roku dr Jaromír Mrňka jest nowym kierownikiem filii. Placówka promuje badania naukowe na temat czeskiej, niemieckiej i polskiej historii w kontekście europejskiej. Placówka jest miejscem komunikacji, kooperacji i wymiany między niemieckimi, czeskimi i polskimi historykami, ale uwzględnia w swej integracyjnej działalności również badaczy z sąsiednich krajów Europy Środkowo-Wschodniej. Organizuje konferencje i wykłady oraz wspiera wydawanie publikacji.
Praska filia ściśle współpracuje z oddziałem monachijskiego Collegium Carolinum i Akademią Nauk Republiki Czeskiej i GWZO. Wspólnie organizują serię wykładów w Pradze.