Od początku grudnia 2017 r. warszawski NIH ma filię w stolicy Litwy – Wilnie. Placówka pod kierownictwem dr Gintarė Malinauskaitė wspiera badania naukowe na temat dziejów Litwy w kontekście środkowo- i wschodnioeuropejskim, a także powiązań historycznych Litwy z Niemcami, Polską i innymi krajami regionu. Ponadto filia jest miejscem upowszechniania wiedzy i koordynacji transferu badań naukowych między historykami litewskimi a niemieckimi, a także naukowcami z innych krajów. W tych celach placówka w Wilnie organizuje imprezy naukowe oraz przygotowuje publikacje historiograficzne do druku.