Vier Monate nach der Aufnahme der Tätigkeit kann die Prager Außenstelle des Deutschen Historischen Instituts Warschau in die für sie vorgesehenen Räumlichkeiten einziehen. Die Räume in dem denkmalgeschützten Gebäude in der Valentinská-Str. 1 in der Prager Altstadt, das dem Slawistischen Institut der Akademie der Wissenschaften der Tschechischen Republik gehört, werden gemeinsam mit der ähnlichen Außenstelle des Collegium Carolinum München genutzt. Somit wird auch eine engere Zusammenarbeit mit dieser wissenschaftlichen Institution des Freistaates Bayern angeknüpf, die die wichtigste deutsche Forschungsstelle zur Geschichte und Kultur der tschechischen und slowakischen Länder ist.
An der formalen Übernahme der Räume durch das DHI Warschau am 30. Juli 2018 nahmen der Direktor und die Verwaltungsleiterin des Slawistischen Instituts der AdW Prag Dr. Václav Čermák und Jana Šlechtová, der Direktor und der Verwaltungsleiter des DHIW Prof. Miloš Řezník und Helge von Boetticher sowie die Außenstellenmitarbeiter Dr. Zdeněk Nebřenský (DHI) und Dr. Johannes Gleixner (Collegium Carolinum) teil.
Die Räumlichkeiten wurden in der Regie der tschechischen Wissenschaftsakademie in diesem Jahr aufwendig und denkmalschutzgerecht saniert. Sie befinden sich in der unmittelbaren Nachbarschaft zur Nationalbibliothek, der Stadtbibliothek Prag und der Philosophischen Fakultät der Karls-Universität.
