Die gut 180-jährige Geschichte der Berliner Mission und die über 155-jährige Geschichte des Jerusalemsvereins sind durch Missionsberichte, Sitzungsprotokolle, Baupläne, Karten und Bauzeichnungen, Quartals- und Jahresberichte aus den Missionsfeldern sowie Korrespondenzen gut dokumentiert. Das Archiv bietet mit seinen Zeugnissen der Missionsgeschichte eine reiche Quelle zur wissenschaftlichen Erforschung von Geschichte, Kultur und Religion der einzelnen Völker. Es bietet eine Fundgrube für Historiker, Theologen, Ethnologen, Linguisten, Soziologen, Kulturwissenschaftler, Geographen, Sinologen, Afrikanisten sowie Wirtschafts- und Medizinhistoriker.

Das Diakonie-Archiv ist zuständig für die Unterlagen des Diakonischen Werkes der EKD und seiner Vorgängerinstitutionen, vor allem der Centralausschuß für Innere Mission 1848-1957 und das Hilfswerk der EKD 1945-1957. Daneben befinden sich hier die Unterlagen einiger Landes- und Fachverbände sowie verschiedener kleinerer Einrichtungen und Vereine der Diakonie. Weiter befinden sich im Archiv Nachlässe diakonischer Persönlichkeiten und Sammlungen zur Geschichte der Diakonie und Wohlfahrtspflege, etwa von Bildern, Plakaten und Druckschriften.

Schriftarchiv und Bibliothek sammeln, sichern und erschließen  Dokumente der Arbeit der der VEM, ihrer Vorgängerorganisationen Rheinische Missionsgesellschaft und Bethel-Mission sowie der Mitgliedskirchen der VEM. Die Dokumentation reicht bis zum Beginn des 19. Jh. zurück. Das historische Bildarchiv enthält Zeichnungen, Kupferstiche, Glasnegative und -positive sowie Fotografien. Die Sammlung bietet umfangreiches Quellenmaterial zur Geschichte der ehemaligen Missionsgebiete der Rheinischen und der Bethel-Mission, zur Lebensweise der dortigen Bevölkerung sowie zur Geschichte der Fotographie. Die Bibliothek ergänzt das Schriftarchiv um Missionsliteratur, Broschüren und Flugblätter deutscher und nicht-deutscher Missionsgesellschaften,  Literatur zu Geschichte und Gegenwart der VEM-Länder und VEM-Kirchen: Kamerun, Kongo, Namibia, Botswana, Südafrika Ruanda, Tansania und Sri Lanka, Indonesien, Hongkong/China, Philippinen.

Das Domstiftsarchiv besteht seit Gründung des Hochstifts Brandenburg im Jahr 948. Es bewahrt Quellen zur Geschichte des Domstifts und des Hochstifts Brandenburg, zur Siedlungs- und Kirchengeschichte der Mark Brandenburg im Mittelalter, zur Wirtschafts- und Sozialgeschichte der Dörfer und Güter des Domstifts, zur Geschichte des märkischen Adels und des brandenburgisch-preußischen Staates sowie zur Geschichte der Ritterakademie. Außerdem übt das Domstiftsarchiv eine Depositalfunktion für gefährdete Kirchenarchive und historische Kirchenbibliotheken der Mark Brandenburg aus. Aufgabe des Archivs ist es, diese Quellen zu erschließen und für die Benutzung bereitzustellen.

Das 1979  gegründete EZA ist zuständig für das archivreife Schriftgut der Organe, Amtsstellen, Einrichtungen und Institute der Evangelischen Kirche Deutschland (EKD) und der Union Evangelischer Kirchen in der EKD (UEK) sowie ihrer Rechts- und  Funktionsvorgänger. Daneben
sammelt es Archivgut  überregionaler  selbständiger Einrichtungen  und Vereine, die mit der evangelischen Kirche zusammenarbeiten und sie in ihrem Auftrag und Wirken unterstützen,
sowie Nachlässe von Persönlichkeiten, die im Raum der Kirche wirkten.

Das Hauptarchiv übernimmt alle archivfachlichen Aufgaben in den v. Bodelschwinghschen Stiftungen Bethel, Sarepta und Nazareth. Seit der Gründung der Stiftungen wird dokumentiert, wird hier dauerhaft gesichert, zugänglich gemacht, wissenschaftlich verwertet und präsentiert: Akten, Amtsbücher, digitale Unterlagen, Karten, Flugblätter, Plakate, Druckschriften, Filme, Dias, Fotos und originale Gegenstände. Die umfangreichen Bestände bieten eine ideale Grundlage für sozialhistorische Forschungen, für evangelische Verbands- und Kirchengeschichte, für alltags- und mentalitätsgeschichtliche Fragestellungen sowie für Frauen- und Geschlechtergeschichte.

Das Unitätsarchiv in Herrnhut ist das Zentralarchiv der Evangelischen Brüder-Unität (Herrnhuter Brüdergemeine) und das Provinzialarchiv für die europäische Unitätsprovinz. Es verwahrt seit 1764 die Bestände der zentralen Verwaltung dieser weltweiten Freikirche. Die Bestände umfassen Zeugnisse von und zu den Organen und Werken der Brüderunität weltweit, Werken und Einrichtungen der Brüder-Unität in Europa, Gemeinden und Sozietäten, Nachlässe und Sammlungen. Die Archivbibliothek sammelt Veröffentlichungen über die Brüdergemeine weltweit. Die Bestände gehen auf verschiedene Büchersammlungen aus dem 18. Jh. zurück und umfassen Werke über die Böhmische Brüder-Unität, Zinzendorfwerke, Streitschriften für und gegen die Herrnhuter, Missionsliteratur, Zeitschriften, Sprachstudien, Losungen, eine Bibel- und Gesangbuchssammlung, die Bibliothek der Firma Abraham Dürninger & Co. sowie die Bibliothek des ehemaligen Theologischen Seminars der Brüdergemeine.