Praska filia NIH w Warszawie istnieje od marca 2018 roku. Pod kierownictwem dr. Zdeňka Nebřenskiego placówka promuje badania naukowe na temat czeskiej, niemieckiej i polskiej historii w kontekście europejskiej. Placówka jest miejscem komunikacji, kooperacji i wymiany między niemieckimi, czeskimi i polskimi historykami, ale uwzględnia w swej integracyjnej działalności również badaczy z sąsiednich krajów Europy Środkowo-Wschodniej. Organizuje konferencje i wykłady oraz wspiera wydawanie publikacji.
Praska filia ściśle współpracuje z oddziałem monachijskiego Collegium Carolinum i Akademią Nauk Republiki Czeskiej.